影响物流运输成本居高不下的因素很多，其中有人的因素，如专业人员缺乏，战略成本意识和全员成本意识的不足等；有技术层面的因素，如运输技术装备的落后、先进的管理技术手段和管理信息系统不够普及、运输规划不科学等；有制度方面的原因，成本的核算、考核制度的不健全等；也有政策层面的原因，如运输资源的重复投资、重复建设，造成资源的无谓浪费，综合运输规划不合理等。
影响物流运输成本的因素是多样化、综合性的，这就要求对运输成本的分析要采用系统的观点，进行综合分析。在控制物流运输成本的过程中，也要进行综合治理，多管齐下。
控制物流运输成本的措施
强化物流运输成本的核算和考核
要树立现代物流理念，引进先进的物流运输管理和优化方法，结合企业自身实际，寻找改善运输管理，降低运输成本的比较好途径。健全物流管理体制，建立物流运输管理专职部门，实现物流管理的专门化。应用物流作业成本法（物流ABC），把反映物流运输成本的数据从财务会计的数据中准确剥离出来，统一企业成本计算的口径。在提高物流服务水平的同时，加强预算管理，强化成本管理意识，实行定额管理和目标成本管理，进行成本控制目标分解，明确责任，实现责、权、利结合，加强成本核算和考核。
加强人才的培养人才是企业**重要、**有活力、**宝贵、**能给组织带来效益的资源，他将决定其他资源功能的发挥，是一种潜在效益。物流企业要发展，实现现代化物流，就必须重视物流人才队伍的建立。通过内部培养和外部引进的方式，培养人才、使用人才、留住人才。通过他们所掌握的先进知识、理念和技术以及努力工作，实现物流运输活动的优化、效率的提高和成本的降低。
影响物流运输成本的因素很多，控制措施既涉及运输环节本身，也涉及供应链的整个物流流程。要想降低物流运输成本，就必须运用系统的观点和方法， 进行综合分析，发现问题，解决问题。