国际集装箱海运运费的计算办法与普通斑轮运费的计算办法一样，也是根据费率本规定的费率和计费办法计算运费，井同样也有基本运费和附加费之分。不过，由于集装箱货物既可以交集装箱货运站（CFS）装箱，也可以由货主自行装箱整箱托运，因而在运费计算方式上也有所不同。主要表现在当集装箱货物是整箱托运，并且使用的是承运人的集装箱时，集装箱海运运费计收有“比较低计费吨”和“比较高计费吨”的规定，此外，对于特种货物运费的计算以及附加费的计算也有其规定。
1．拼箱货海运运费的计算
目前，各船公司对集装箱运输的拼箱货运费的计算，基本上是依据件杂货运费的计算标准，”按所托运货物的实际运费吨计费，即尺码大的按尺码吨计费，重量大的按重量吨计费；另外，在拼箱货海运运费中还要加收与集装箱有关的费用，如拼箱服务费等。由于拼箱货涉及到不同的收货人，因而拼箱货不能接受货主提出的有关选港或变更目的港的要求，所以，在拼箱货海运运费中没有选港附加费和变更目的港附加费。
2．整箱货海运运费的计算
对于整箱托运的集装箱货物运费的计收：一种方法是同拼箱货一样，按实际运费吨计费。另一种方法，也是目前采用较为普遍的方法是，根据集装箱的类型按箱计收运费。
在整箱托运集装箱货物且所使用的集装箱为船公司所有的情况下，承运人则有按“集装箱比较低利用率”（COntainer Minimum Utilization）和“集装箱比较高利用率”（Container Maximum Utilization）支付海运运费的规定。
（1）按集装箱比较低利用率计费
一般说来，班轮公会在收取集装箱海运运费时通常只计算箱内所装货物的吨数，而不对集装箱自身的重量或体积进行收费，但是对集装箱的装载利用率有一个比较低要求，即“比较低利用率”。不过，对有些承运人或班轮公会来说，只是当采用**集装箱船运输集装箱时，才不收取集装箱自身的运费，而当采用常规船运输集装箱时则按集装箱的总重（含箱内货物重量）或总体积收取海运运费。
规定集装箱比较低利用率的主要目的是，如果所装货物的吨数（重量或体积）没有达到规定的要求，则仍按该比较低利用率时相应的计费吨计算运费，以确保承运人的利益。在确走集装箱的比较低利用率时，通常要包括货板的重量或体积。比较低利用率的大小主要取决于集装箱的类型、尺寸和集装箱班轮公司所遵循的经营策略。当然，在有些班轮公会的费率表中，集装箱的比较低利用率通常*与箱子的尺寸有关，而不考虑集装箱的类型。目前，按集装箱比较低利用率计收运费的形式主要有三种：比较低装载吨、比较低运费额以及上述两种形式的混合形式。
比较低装载吨可以是重量吨或体积吨，也可以是占集装箱装载能力（载重或容积）的一个百分比。以重量吨或体积吨表示的比较低装载吨数通常是依集装箱的类型和尺寸的不同而不同，但在有些情况下也可以是相同的。而当以集装箱装载能力的一定比例确定比较低装载吨时，该比例对于集装箱的载重能力和容积能力通常都是一样的，当然也有不一样的。
比较低运费额则是按每吨或每个集装箱规定一个比较低运费数额，其中后者又被称为“比较低包箱运费”。
至于上述两种形式的混合形式则是根据下列方法确定集装箱比较低利用率：
①集装箱载重能力或容积能力的一定百分比加上按集装箱单位容积或每集装箱规定的比较低运费额；
②比较低重量吨或体积吨加上集装箱容积能力的一定百分比。
（2）亏箱运费（Short fall Freight）的计算
当集装箱内所装载的货物总重或体积没能达到规定的比较低重量吨或体积吨，而导致集装箱装载能力未被充分利用时，货主将支付亏箱运费。亏箱运费实际上就是对不足计费吨所计收的运费，即是所规定的比较低计费吨与实际装载货物数量之间的差额。在计算亏箱运费时，通常是以箱内所载货物中费率比较高者为计算标准。此外，当集装箱比较低利用率是以“比较低包箱运费”形式表示时，如果根据箱内所载货物吨数与基本费率相乘所得运费数额，再加上有关附加费之后仍低于比较低包箱运费，则按后者计收运费。